5 декабря гроб с телом почившего доставили в храм святителя Стефана Пермского. С 20.00 у гроба непрерывно читалось Евангелие.
Для желающих проститься с новопреставленным отцом Владимиром храм был открыт всю ночь.
6 декабря 2021 года в храме святителя Стефана Пермского в Южном Бутове состоялось отпевание новопреставленного настоятеля прихода протоиерея Владимира Ковтуненко, скончавшегося 3 декабря от осложнений, вызванных коронавирусной инфекцией.
Божественную литургию и заупокойное богослужение совершил временно управляющий Юго-Западным викариатством епископ Верейский Пантелеимон.
Его Преосвященству сослужили: протоиерей Анатолий Кожа, благочинный Параскево-Пятницкого округа, настоятель храма великомученицы Параскевы Пятницы в Качалове; архимандрит Мелхиседек (Артюхин), настоятель храмов первоверховных апостолов Петра и Павла и Покрова Пресвятой Богородицы в Ясеневе; протоиерей Василий Василевский, настоятель храма равноапостольной Марии Магдалины в Южном Бутове; протоиерей Александр Зорин, настоятель храма Казанской иконы Божией Матери в Теплом Стане; иерей Димитрий Самсонов, клирик храма святителя Стефана Пермского; иерей Михаил Фаворский, клирик храма иконы Божией Матери «Знамение» в Захарьине; диакон Григорий Богданов, клирик храма великомученицы Параскевы Пятницы в Качалове.
Перед началом чина отпевания епископ Пантелеимон огласил Патриаршее соболезнование.
За богослужением молились сотрудники и прихожане храма святителя Стефана Пермского, духовенство г. Москвы.
Протоиерей Владимир Ковтуненко был погребен на территории храма святителя Стефана Пермского.